功能性便秘占儿童便秘的90%以上，是指非全身疾病或肠道疾病引起的原发性持续便秘，又称为习惯性便秘或单纯性便秘。
2~4岁的孩子最容易发生便秘。如果是满月后至6月龄内纯母乳喂养的孩子，几天才排一次大便，但平时精神状态好，大便不干也不硬，孩子排便时也没有痛苦表现，这很可能是俗称的“攒肚”而不是便秘。攒肚的排便间隔时间通常是2~7天，但也有长达十几甚至二十几天的报告。攒肚是正常现象，不必治疗。
对于大一些的孩子，如果每2或3天才排一次大便，但大便是软的，排便也不困难，这也是正常的，不是便秘。
如果每3天才排便一次，排便困难，排出的大便也是硬的，这才是便秘。也有些孩子可能每天都拉出少量大便，其实大部分粪便都积聚在肠道里没被排出来。
便秘的原因
导致便秘的原因有很多，如：
1. 遗传（素质性便秘）。
2. 食物中膳食纤维太少。
3. 不按时大便。
4. 憋便。
5. 某些药物的副作用。如钙剂、铁剂、抗酸剂。
6. 精神因素（精神性便秘）。如情绪差、焦虑、抑郁、遭受暴力或虐待。
7. 不愿使用不熟悉的厕所。比如上幼儿园后。
8. 水分摄入太少。
9. 配方奶粉冲配不当，如放水太少。
治疗
首先，建议阅读《美国儿科学会育儿百科》关于便秘的章节。
其次
治疗便秘的原则是：合理饮食（如增加膳食纤维和水分的摄入），清除肠内粪块贮留，解除心理障碍，建立良好排便习惯。
多吃蔬菜水果和全谷物（如全麦麦片、全麦面包）。海苔、玉米糁（黄）、燕麦片、雪菜、籼米、荞麦面、西芹、四季豆、小米（黄）、空心菜、甘蓝、西兰花、黄豆芽、蚕豆、韭菜、茄子、西梅（prunes）、梨、葡萄干的膳食纤维含量都比较高。婴儿也可以喂点西梅汁（prune juice）。必要时可适当服用纤维素制剂，如“非比麸-小麦纤维素颗粒”，要注意按说明书使用。
少吃膳食纤维含量少的大米、香蕉、非全麦面包、非全麦麦片。很多人认为香蕉可以“滑肠”，所以便秘时多吃香蕉，其实这是错误的；香蕉并没有“滑肠”的功能，膳食纤维含量少，每100g香蕉（可食用部分）含膳食纤维只有1.8g，而100g燕麦片含膳食纤维高达13.2g，茄子也有3.0g，所以便秘时应该少吃香蕉。红薯含膳食纤维也不多，100g红薯含膳食纤维只有2.2g。
多喝水也很重要。4~6岁孩子的每天适宜饮水量为800ml，7~10岁为1000ml，幼儿酌减。
开塞露是高渗性泻药，可以去除肠内积聚的粪便，对急性便秘效果好，但不能长期使用。
对于严重便秘，医生可能会开缓泻剂来帮助清空肠道，如聚乙二醇、乳果糖、矿物油，这些药物应该在医生指导下使用；即使是非处方药物，也不应该随便使用。应该避免长期使用刺激性泻剂（如番泻叶或比沙可啶）。聚乙二醇是渗透性缓泻剂，可在医生指导下长期用药。如果医生开出缓泻剂，要咨询医生该在什么时候停药，该怎样停药（有时候需要逐渐减少剂量，而不能一下子停掉）。
排便训练
孩子进食后就让他坐在座便器上尝试排便，因为这时候的胃肠反射比较活跃。定期排便，每天起床后就尝试排便。每次坐5~15分钟，可以让他拿本喜欢的书看或拿个玩具；
如果实在排不出，也不必强求；坐太久也不好，可能反而会加重便秘。可能需要几个月时间才能重新建立正常的排便模式。要慢慢引导，不能责骂孩子，不要给孩子太多压力，比如弄脏了衣服也不要怪他。
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