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克拉玛依市中心医院 新疆维吾尔自治区克拉玛依市
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新疆生产建设兵团第一师医院 新疆维吾尔自治区阿克苏地区
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乌鲁木齐儿童医院 新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市
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04石河子大学医学院第一附属医院 新疆维吾尔自治区石河子市
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05新疆维吾尔自治区维吾尔医医院 新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市
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06乌鲁木齐市友谊医院 新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市
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07新疆生产建设兵团医院 新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市
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08解放军第五四六医院 新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州
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09伊犁州新华医院 新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州
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10成都军区机关医院 新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市
排名依据
医院排名依次参考如下资料：
(1) 复旦大学医院管理研究所《中国医院及专科声誉排行榜》
(2) 政府卫生部门评定的临床重点专科和教育部门评定的重点学科分布
(3) 医院对应科室的高级职称人数
(4) 医院对应科室的床位数