早期乳腺癌类型 & 患者死亡风险
法国的David G. Cox和他的同事们正在进行一项大型队列研究，他们通过随访超过10,000例病人来研究哪些基因与乳腺癌的转移有关。其结果证实，早期乳腺癌患者的死亡风险随着肿瘤类型发生改变，三阴性乳腺癌（TNBC）从疾病进展到肿瘤转移和死亡的时间很短。
研究概况
在StoRM研究中纳入的1250名女性乳腺癌患者，在2012年3月-2014年5月间出现肿瘤转移，研究者使用人核心外显子组芯片集进行研究，能够检测到超过250000种变异，其中在核心区域超过了200000种变异。
StoRM研究计划补充SIGNAL/PHARE （NCT00381901/RECF1098）队列至超过10,000个早期乳腺癌病人，由临床团队随访病人的治疗、生存，获取病人的基因背景信息，以此来研究基因类型与乳腺癌转移的相关性。
在研究中，从疾病的诊断到出现肿瘤转移，平均观察时间在6年以内。
研究结果：
在StoRM队列中，从早期乳腺癌诊断到肿瘤转移的平均时间段为58.5 （±73.5）个月。747个病人为 luminal 型，249个病人为 HER2 阳性型，194个病人为TNBC。
截止2017年4月，在StoRM队列中，875名病人死亡。截止2017年7月，SIGNAL队列平均随访时间为3.8年，PHARE队列随访时间为7年。在SIGNAL/PHARE队列中，1497名病人出现疾病进展，154名病人死亡。
研究者发现患者生存情况与肿瘤类型高度相关（p = 2.27x10-38），TNBC在肿瘤转移后，平均生存时间不超过24个月，然而 luminal 型和 HER2 阳性病人则超过36个月。
研究结论：
该研究让我们能够更好的了解基因类型如何影响乳腺癌病人的预后。通过SIGNAL/PHARE和StoRM临床队列研究了乳腺癌病人的基因和治疗反应以及生存之间的关系。基因变异的类型与治疗反应相关，在未来的研究中，这些相关性可能被进一步的研究清楚。
2TNBC的基因组情况 & 疾病复发
NGS（二代基因测序）揭示了与局部晚期三阴性乳腺复发可能相关的基因组标志。
研究概况
来自法国国家健康和医疗研究所的Nina Radosevic-Robin和美国纽约Sloan Kettering癌症中心的合作者在两项新辅助治疗（抗EGFR的帕尼单抗和西妥昔单抗联合化疗治疗局部晚期的TNBC）的临床试验中研究了与疾病复发可能相关的基因组的决定因素。
研究者使用NGS分析了治疗前的肿瘤组织样品和治疗后的残留组织样品，使用一个含有410个肿瘤相关基因的外显子靶点检测（MSK-IMPACT）。分析显示了15个获得完全缓解（pCR）的病人的数据和33个没有完全缓解的病人（non-pCR）的数据。
研究结果：
33个没有获得完全缓解的病人中，有9个人在术后2年之内复发。
在这些病人中，有5个病人在早期（术后1年之内）经历了致命性的肿瘤转移。还有5个病人（1个PCR，4个non-pCR）在较晚的时期内（1年之后，2年之内）出现了非致命性的复发。
23例有残余肿瘤的病人在术后5年没有出现复发。在15个获得PCR的病人之中，一个病人在较晚的时候出现非致命性的单发的脑转移。
分析显示，出现疾病复发的病人产生了特异性的基因组改变。
复发组出现的一些常见的基因改变
疾病复发和NGS结果的关系被一例例分析，并发现了病人特异性的基因改变，没有明显的预测肿瘤复发的基因模式。有趣的是，SOX9扩增在3/5的早期出现致命性转移的病人中被发现，在这一组中，没有别的发现。新辅助治疗后有肿瘤残留且经历了早期致命性的肿瘤转移的病人，有一个单独的基因组异常设置。
例如：
第一个病人没有突变，但是有SOX9，AKT1和TGFBR2扩增，还有TERT缺失。
第二个病人有SOX9，RAD21和NOTCH2扩增，还有PTEN，PIK3CA，ERBB3和ARID1B突变。
第三个病人有SOX9和MYC扩增，PTEN丢失和KDM6A突变。
第四个病人有RAF1， FGFR2，MLL2和GLI1突变， 还有一些其它基因的拷贝数改变。
第五个病人有SETD2突变，HIST2H3D，HIST2H3C，MCL1和EZH2扩增，还有MAP3K1丢失。
那个获得PCR但是后来出现单发脑转的病人在治疗前的样品中有BRCA1, MLL2, CDK12和PPM1D突变。
在其它的non-pCR病人中，检测到了一些基因组的异常，例如在一个残余肿瘤中，检测到了3种不同PIK3CA的活性突变，治疗后的标本中出现了HRAS G12S突变或PARP1扩增。
研究结论：
这个研究让我们注意到：SOX9扩增是TNBC的一个潜在的耐药机制和肿瘤转移机制。尽管研究规模较小，但证实了TNBC肿瘤内部的异质性，并且需要在其它的肿瘤中来解释NGS的发现，比如组织学、基因和蛋白表达和免疫。
题图来源：123RF图库
