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江苏省中医院 江苏省南京市
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江苏省人民医院 江苏省南京市
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东南大学附属中大医院 江苏省南京市
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04南京医科大学第二附属医院（迈皋桥院区） 江苏省南京市
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05东部战区总医院 江苏省南京市
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06南京医科大学附属口腔医院 江苏省南京市
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07南京市口腔医院 江苏省南京市
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08南京市江宁中医院 江苏省南京市
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09南京医科大学第四附属医院 江苏省南京市
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10南京医科大学附属逸夫医院 江苏省南京市
排名依据
医院排名依次参考如下资料：
(1) 复旦大学医院管理研究所《中国医院及专科声誉排行榜》
(2) 政府卫生部门评定的临床重点专科和教育部门评定的重点学科分布
(3) 医院对应科室的高级职称人数
(4) 医院对应科室的床位数