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上海交通大学医学院附属仁济医院 上海市上海市消化内科全国第1
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北京协和医院 北京市北京市消化内科全国第2
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海军军医大学第一附属医院 上海市上海市消化内科全国第3
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04空军军医大学西京医院 陕西省西安市消化内科全国第4
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05解放军总医院（301医院） 北京市北京市消化内科全国第5
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06四川大学华西医院 四川省成都市消化内科全国第6
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07首都医科大学附属北京友谊医院 北京市北京市消化内科全国第6
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08中山大学附属第一医院 广东省广州市消化内科全国第8
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09复旦大学附属中山医院 上海市上海市消化内科全国第9
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10南方医科大学南方医院 广东省广州市消化内科全国第10
排名依据
医院排名依次参考如下资料：
(1) 复旦大学医院管理研究所《中国医院及专科声誉排行榜》
(2) 政府卫生部门评定的临床重点专科和教育部门评定的重点学科分布
(3) 医院对应科室的高级职称人数
(4) 医院对应科室的床位数