北京大学第三医院秦皇岛医院是以北京大学第三医院为输出医院，原秦皇岛军工医院为依托医院组建的一所集医疗、教学、科研、康养和保健为一体的综合性公立医院。2021年6月11日获批第二批国家区域医疗中心试点项目。2023年1月5日，北京大学第三医院秦皇岛医院举行了隆重的揭牌仪式，正式与北京大学第三医院全面融合、实行同质化管理，秉承“大专科、小综合”的办院模式，把优势学科、高水平专家、先进管理模式引进来，提升秦皇岛地区心血管类疾病诊疗能力和学科水平，建设立足河北、服务华北、东北地区，国内一流的高水平现代化区域医疗中心。新院区位于秦皇岛经济技术开发区核心区，占地20万平米，总建筑25.25万平米，设置床位1200张，项目总投资28.3亿元，目前项目建设正在进行中。
北京大学第三医院秦皇岛医院以打造国家区域医疗中心为目标，加强与秦皇岛市兄弟医院的互动，搭建人才培养平台、基础研究和临床研究平台，带动秦皇岛市整体医疗服务水平不断提升。发展成为特色鲜明的疑难杂症治疗基地；打造国内领先的医疗康养示范基地；建立功能齐全的干部保健疗养支撑基地；引领发展京津冀高端人才培养基地；建设成国内一流的教学科研基地和开放创新的国际医疗交流基地。
医院目前开设床位726张，现有在岗职工753人。医院设有24个行政科室、42个临床医技科室，其中包括国家重点专科1个（康复医学科），市重点发展学科3个（急诊科、泌尿科、神经内科）。医院目前拥有核磁共振机2台、佳能CT机3台、GE数字减影血管造影系统、EMS混合动力碎石清石系统、大功率激光手术系统、4K腹腔镜系统、4K超高清内窥镜摄像（关节镜）系统等先进医疗设备。
医院连续多年被评为秦皇岛市文明单位标兵，2020年被国家卫健委、全国老龄办评为“敬老文 明号”，2021年被省医保局评为“河北省医疗保障工作先进集体”，2022年被市委、市政府授予“秦皇岛市爱国拥军模范单位”，被河北省人力资源与社会保障厅定为“工伤康复试点医院”，被河北省医保评为“河北省医疗保障工作先进集体”，以优异成绩成为“国家PCCM规范化建设优秀单位”，成为“河北省康复医疗专业人员培训基地”，全市全面深化改革工作良好单位等殊荣。2023年3月被秦皇岛市体育局授予“秦皇岛市体育运动医疗服务保障定点医院”。
医院积极推进专科专病建设，成立运动医学门诊、风湿免疫门诊、中医特色门诊、糖尿病门诊、麻醉门诊等多个专病门诊，建立了卒中中心、介入中心、血液净化中心等专业中心。相继开展了心脏介入手术、冠脉造影、支架术、妇产科血管介入、消化科介入手术、肿瘤科介入手术、神经外科介入等。以重点学科和重点发展学科为龙头，各学科齐头并进的发展格局已经形成。学科基本齐全，微创、介入手术成熟开展，内镜检查市内有名，康复医学品牌响亮，健康管理开了先河，分级诊疗已成体系。
医院以打造国家区域医疗中心为引领，以总院各学科为依托，强化科室建设、聚合人才优势，构建“院有重点、科有特色、人有专长”的全新格局，以“团结、奉献、求实、创新”为院训，以“患者至上”为宗旨，以“患者信赖、同行尊重、社会认可、员工爱戴”为理念，强盛医院，造福民众，力争使北京大学第三医院秦皇岛医院在心血管类疾病预防、诊疗、科研、成果转化、教学、人才培养、健康管理及智慧医疗等方面快速提高，践行国家区域医疗中心的示范带动作用，同时借助优质医疗资源的区域辐射能力，缓解秦皇岛周边地区及东北地区人民群众的进京就医需求，切实落实疏解北京非首都核心功能，助力京津冀协同发展。