昌吉州中医医院建于1988年，是一所以医疗、预防保健、科研、教学、康复及中医药文化传播为一体的三级甲等中医医院，是新疆医科大学实习医院，昌吉回族自治州工伤康复定点医院、城镇职工生育保险、商业保险医疗服务、基本医疗保险及城镇居民医疗保险定点医院，年门诊量20余万人次。
医院占地37.8亩，建筑面积35235㎡。编制床位550张，人员编制数442人，现有职工733人。开设针灸科、康复科、骨伤科、眼科等临床科室21个，医技科室12个，行政职能后勤科室17个。有国家中医药管理局重点专科建设项目2个，国家中医药管理局重点专科培育项目1个，自治区中医民族医专科建设项目1个，院内中药制剂品种31个。
医院固定资产1.88亿元，医疗设备资产额6295万元，拥有全自动生化分析仪（AU-2700）、西门子悬吊式DR、飞利浦彩超、德国徕卡全自动组织脱水机（ASP200S）、石蜡包埋机（EG1150H）、冷冻快速切片机、欧美达Aistiva7900麻醉机、U100激光碎石机等先进设备。
医院先后荣获自治区级“文明单位”、“卫生系统思想政治工作先进单位”等荣誉称号，自治州级“诚信计量自我承诺示范单位”、“五个好基层党组织”、“普法依法治理先进单位”、“下乡驻村工作先进单位”、“五一巾帼先进集体”“平安医院”等荣誉称号。