福建省肿瘤医院于1979年筹建，1981年正式破土动工，1984年7月开始收治部份病人，1986年11月12日正式挂牌开院。2001年11月成立福建省肿瘤研究所。占地148亩，建筑面积9万多平方米，医疗用房8万多平方米。编制床位1000张，实有床位1026张。实际开放床位1300张（含加床、日间治疗）。人员编制1298人，现有职工1037人，临时聘用工400人，离退休152人。卫生技术人员831人，其中正高职称48人，副高职称111人，中级职称283人，博士、硕士91人，教授、副教授22人，博士、硕士生导师25人，享受国务院特殊津贴专家5人。
　　福建省肿瘤医院是全省唯一的一所集肿瘤预防、治疗、科研、教学、培训于一体的省级肿瘤专科医院，1997年7月被国家卫生部评为三级甲等肿瘤医院，2007年8月通过省卫生厅三甲医院复审。是省内唯一具备肿瘤综合治疗体系的医疗机构，具有外科手术、放射治疗、内科化疗、干细胞移植治疗、中西医结合治疗及生物治疗：CIK治疗和DC-CIK治疗技术。2001年起成立了乳腺癌、消化道癌、肺癌、肝癌、恶性淋巴瘤、妇科肿瘤等6个综合治疗专家小组，强调规范肿瘤综合治疗，提高了肿瘤病人的治愈好转率和生活质量，延长了生存期，保持了肿瘤诊疗技术在省内领先和国内的先进水平。
　　福建省肿瘤医院与美国、法国的癌症中心以及国内北京、上海、天津、广州等肿瘤医院以及福建医大合作，培养在职研究生，取得成效。近年来，完成科研课题64项，其中省科委21项，卫生厅43项，获科技成果奖40项。发表医学论文2000多篇。主编出版了《福建省恶性肿瘤地图集》、《常见恶性肿瘤病理组织学与免疫组织化学彩色图谱》等5部专著。举办了“近距离放射治疗国际会议”、“全国肿瘤化疗学习班”、“中法放射物理学术研讨会”、 “国际现代放射肿瘤学新进展学术研讨会”、“第九届全国肝癌学术会议”、“第四届全国近距离放射治疗学术会议”、 “第二届全国肿瘤护理学术会议”、“全国食管癌三野根治术学习班”、“第十届全国肺癌学术大会”、“恶性肿瘤腔镜外科论坛”、“第三届泛珠江区域放射肿瘤学大会和第一届海峡两岸放射肿瘤学会议” 等近50次国际和全国肿瘤学术研讨会，在国内外同行中的知名度有了很大提高。
　　福建省肿瘤医院2000—2006年，连续3届评为省直“文明单位”，2006年11月，被福建省省委、省政府评为2003－2005年度福建省“文明单位”，2006年11月，被省卫生厅评为“2005－2006年度福建省卫生系统救灾防病先进集体”，2008年，被中央文明委评为“全国精神文明建设先进单位”。