鄂尔多斯市中医医院始建于1983年，是鄂尔多斯地区唯一一所非营利性地市级中医医院，是一所集中医医疗、预防、康复、保健为一体的综合性二级甲等中医医院。
　　医院现有在职职工412人，卫生专业技术人员350余人。编制病床500张，开设了以内科、外科、妇科、儿科、针灸科、骨伤科、肿瘤科、急诊科、麻醉科等具有中医特色的临床一级科室和肾内科、肛肠科、五官科、皮肤科、肺病科、心血管病科、脑病科、内分泌科、脾胃病科等二级专科专病门诊，逐步形成了专科、专病特色优势。
　　2013年在市委政府的大力支持下，将市中医医院与康巴什医院进行整合，总建筑面积5.4万平方米，现正式运营的改建楼建筑面积为1.8万平方米，床位开放129张。预计于2014年下半年投入使用面积为3.6万平方米的新建楼。
　　目前，鄂尔多斯市中医医院康巴什部配置了高、精、尖的医疗设备，总台数851台，合计总价值1.07亿元。到位并已经投入正常使用的设备有：飞利浦64排128层螺旋CT机、DR、全自动生化分析仪、多功能麻醉机、美国杰西低温等离子手术系统、数字双能X线骨密度仪、鼻窦镜手术系统、血液透析仪、美国GE-E9彩超及各科室常规配备的各项仪器；陆续到位的设备有：悬吊血管机、UPS电源、移动X光机、乳腺钼靶机、数字肠胃机、骨科C型臂、中高端麻醉机、中端有创呼吸机、电子胃镜、电子腹腔镜、核磁房空调等。医院东胜部现有万元以上设备92多台（件），设备总值2342.30万元。拥有325螺旋CT、西门子彩色多普勒超声系统、C形臂X射线机、颈颅多普勒、电子胃镜、全自动生化分析仪、全自动血细胞分析仪、尿沉渣分析仪、全自动心电监护仪、多参数心电监护仪、自动分析心电图机、血流变、微循环、全数字化四维彩超、乳腺彩超诊断系统和静脉曲张治疗仪、低温等离子灭菌器、腹腔镜、DR数字全能型医用诊断X射线系统、熏蒸床、经络导平仪、多功能麻醉机、微量元素测定仪、多功能牵引床、婴儿复苏台、高频电刀等大中型设备。由于医院始终以质量为抓手，以弘扬中医药突出中医药特色优势为出发点和办院方向，社会声誉连年攀升，精神文明和物质文明建设成果丰硕，社会效益和经济效益同步增长，业务收入每年都呈“两位数，二字头”的增长趋势,展现出前所未有的全面、协调和可持续的科学发展趋势。
　　鄂尔多斯市市委政府高度重视中医院的工作，于2005年3月调整了领导班子。新一届院领导班子面对中医院历史形成的局面，审时度势，深入分析了影响医院发展的外部因素和内部因素，冷静应对，锐意改革，理性的深入分析了影响中医院发展的内外各种因素，经过对自治区东西部地区中医医院进行调研后，根据中医院现状在科学发展观的指引下，确定了中医院总体发展思路。一是提出了“一个中心，三步走”战略规划，即始终坚持以质量为中心，分三个阶段达到三级甲等医院建设规模,经过近10年的努力，在医院内部管理、基础设施建设、医疗设备建设、专科专病建设等方面成为内蒙古西部地区一流的中医医院。二是提出了“大专科、小综合”的专科专病建设规划。发挥中医特色优势，全面实施名医、名科、名院的“三名”建设规划。努力培育20个中医特色专科、30个中医特色专病门诊。形成2-3个具有特色优势和规模效益的重点中医专科。三是提出了“512人才工程”即培养5名内蒙古自治区一流的中医专科人才，培养10名鄂尔多斯知名的中医专科人才，培养20名中医专科骨干。四是确立“以人为本”的科学发展观，努力打造两支人才队伍。一是造就一支思想过硬、技术精湛高素质的医疗队伍；二是注重行政管理人才的选拔和培养，努力提高一批作风正、懂管理、会经营的管理型人才。2005年6月8日，时任国家卫生部副部长、中医药管理局局长佘靖来我院视察时，对我院领导班子提出的医院发展愿景给予了充分的肯定和高度的评价，并对中医院领导班子有决心、有信心带领全体职工将中医院建设成为自治区西部地区一流的中医医院寄予厚望。
　　几年来，医院始终坚持运用科学发展观，紧紧抓住鄂尔多斯市经济快速发展，社会各项事业全面进步的契机。始终坚持“一个中心，三步走”的发展战略和“科学管理、民主管理、依法管理”的管理理念，始终坚持“质量立院、民主办院、科技兴院、文化塑院、发展强院”的办院方略，紧密结合“医院管理年”活动，从思想建设，组织建设、文化建设方面入手，全面展开，循序推进医院的内涵建设。从2005年开始，医院根据发展的要求和实际，每年确立一个发展主题，通过“思想建设年、制度建设年、制度落实年、组织建设年、质量提升年、服务能力提升年、三甲基础建设年、三好一满意建设年、三好一满意服务能力提升年、三甲基础建设提升年活动，为医院发展奠定了坚实的基础。