南京脑科医院和胸科医院目前已正式合并，按照一院两区方式运行。在继续保留原有两块牌子外，还将增挂“南京市康复医院”牌子，这将是我市打造的首个三级康复医院。南京脑科医院，又名南京医科大学附属脑科医院，江苏省精神卫生中心，始建于1947年，是我国最早的国立脑医学专科医院。六十余年的风雨历程，如今医院承担着南京市、江苏省乃至全国神经、精神疾病的医疗、康复、预防、教学、科研、司法鉴定等任务，还承担着相关政府指令性工作及突发应急事件的心理救援等处置任务。
　　医院设有床位逾千张，职工1300余人，年门诊量70万人次，年收住院病人近1.5万人次。设有神经内、外科、精神科、儿童心理卫生中心、老年精神科、医学心理科、康复科、中医科、心血管内科等23个临床科室和10个医技科室。设有抑郁症、儿童心理行为障碍2个省级专科（病）诊疗中心。拥有最新型超高场3.0T磁共振机两台、1.5T磁共振机一台、DSA两台、西门子64排128层CT机两台、CTF-275信道脑磁图、伽玛刀、百级垂直层流手术室、计算机导航系统等先进设备，为临床及时诊断、疾病治疗提供了硬件保证。新建的22层病房大楼即将启用，届时医院将更好地满足患者的就医需求，有力促进全省卫生事业的发展。
　　医院设有南京医科大学和南京大学医学院硕士研究生培养点、博士研究生培养点、博士后科研工作站。共有9个临床重点专科，包括2个国家级重点专科，3个省级重点专科（神经内科、神经外科、医学心理科为江苏省临床重点专科），其他均为南京市重点专科。开办《临床神经病学杂志》、《临床精神医学杂志》、《临床神经外科杂志》3种学术期刊。
　　医院秉承公益性，履行公立医院社会职责，拥有一批优秀的专家队伍和雄厚的技术力量，为社会和谐稳定做出了积极贡献。先后被卫生部、人事部授予“全国百佳医院”、“全国卫生系统先进集体”称号，连续多年获得江苏省人民政府、南京市人民政府“先进单位”、“文明单位”等荣誉。