新疆维吾尔自治区儿童医院前身为新疆交通医院，始建于1984年。自成立之初至今，历经新疆交通医院（1984年至2005年）、自治区人民医院北院（2006年至2017年）、自治区儿童医院（2018年至今）三个阶段。2016年，自治区党委、政府决定：依托自治区人民医院，在自治区人民医院北院基础上建设“新疆维吾尔自治区儿童医院”。经过几年的转型发展，自治区儿童医院已成功转型为一所集医、教、研、预防保健等为一体的三级综合儿童医院。
自治区儿童医院位于乌鲁木齐市阿勒泰路393号，距离机场10公里，毗邻乌鲁木齐站，交通便利。占地面积2.66万㎡，建筑面积5.84万㎡。
医院设有13个行政职能科室；19个临床科室（其中外系科室13个、内系科室6个），9个医技科室，1个儿研所。医院共有在职职工790人，其中医生210人，护士361人，医技44人。正高级职称40人，副高级职称75人，中级职称185人，博士及硕士83人。

目前，医院开放床位539张。2020年，诊疗17.37万人次，出院患者1.17万人次，手术3737例。2020年业务收入3.95亿元，医院总资产7.51亿元，固定资产净值4.44亿元。
医院拥有GE1.5T核磁共振、西门子 64排螺旋CT、GE16排螺旋CT、GE彩色多普勒诊断仪、日立生化分析仪、莱卡手术显微镜、费森尤斯床旁血液滤过机、奥林巴斯高清电子胃肠镜、史赛克电子腹腔镜等高端医疗设备，为高效、便捷、准确的诊断和治疗提供了强有力的保障。

自治区儿童医院儿科技术团队主体由自治区人民医院儿科体系组成，历经近70年发展历史，已逐渐发展成为技术力量雄厚、学术梯队合理、儿科亚专业学科齐全的专业技术队伍，在各种常见病、多发病、疑难重症病抢救治疗方面积累了丰富的临床经验。特别是在儿科疑难危重症救治、小儿微创手术以及泌尿系结石内窥镜诊疗、危重新生儿转运、救治等方面居全疆领先水平。

在儿科疑难危重症救治方面，已建立成熟的急救、危重症、神经、血液、心血管、风湿免疫、呼吸、内分泌、儿保等专科，危重症救治能力强，抢救成功率高达95%以上。1955年在疆内率先成立了儿科急救专业，是新疆最早建立儿科重症监护室的医疗单位之一。小儿神经专科率先在疆内开展了癫痫的规范化诊断及治疗；在新疆儿童血液肿瘤病人中率先开展了流式细胞学检查，融合基因检测，白血病残留细胞测定项目，十年儿童白血病病儿无病生存率已达76.9%；在新疆率先开展儿童PICC置管技术，是新疆唯一获得白血病小天使基金资助单位；小儿肾病亚专科率先在疆内开展肾脏活检病理诊断，每年肾活检逾150-200人次。

自2009年始，积极开展小儿腔镜微创手术，目前微创治疗腔内疾病达90％以上，治愈率达90%以上，使原有的开放手术模式逐渐向腔镜微创手术模式过度，其中胆总管囊肿、胆道闭锁、肝叶切除、纵隔肿瘤、肾盂输尿管成形、膀胱输尿管再植等小儿微创手术以及泌尿系结石内窥镜诊治填补了疆内多项空白的领域，受益疆内外广大患儿。

危重新生儿转运救治等方面居全疆领先水平。2008年，在全疆范围内首先开展了危重新生儿转运工作，近10余年共转运800余名危重新生儿，最大转运半径达1500公里，分别前往博州地区、巴州地区、和田地区、阿克苏地区、吐鲁番地区、石河子、昌吉地区等近20多家医院转运，成功转运最小孕周25周600g新生儿，无一例死亡。提高了危重新生儿的抢救成功率，降低了致残率，为基层医院提供了技术保障，同时也促进和提高了基层对危重新生儿的救治技术。

儿科研究所是全疆唯一一家儿科研究所，系自治区儿科研究所，在儿科临床医学科学研究方面尤其在围产期母婴TORCH感染、麻疹感染流行和免疫问题研究、疱疹病毒8型感染的研究、呼吸道感染病原学筛查及其相关基因分析研究等领域处于我国相关研究领域前列。近五年先后承担国家省部级科研课题24项，自选课题24项，全国协作课题30项，荣获国家级科技奖4项，自治区级科技奖16项，中华预防医学会科技进步奖2项。

自治区儿童医院坚持以儿科建设为龙头，以人才培养为中心，推行“人才强院”战略，以医、教、研、管理工作为主体，深化改革、发展特色、强化管理，全面提高医、教、研等综合水平。近年来，医院获批自治区自然科学基金项目8项、自治区少数民族特培项目2项、发表核心期刊49篇， SCI论文1篇，荣获自治区科技进步奖1项、新疆医学会科技进步奖（青年奖）1项。

自治区儿童医院是新疆儿科疑难危重专科联盟、新疆新生儿专科联盟的主体单位，是中国新生儿神经重症监护联盟单位，全疆危重新生儿转运救治中心。是国家、自治区儿科专业住院医师规范化培训基地、儿科医师转岗培训基地、县级骨干医师培训基地，国家级小儿外科专科医师培训基地，新生儿围产期医学专科培训基地，是新疆医科大学和石河子大学医学院临床教学医院、研究生导师单位。

2019年7月24日召开的中央全面深化改革委员会第九次会议审议通过了国家发展改革委、国家卫健委《关于印发《区域医疗中心建设试点工作方案》的通知》（发改社会〔2019〕1670号），确定以国家医学中心为依托，充分发挥国家临床医学研究中心作用，在京、沪等医疗资源富集地区遴选若干优质医疗机构，通过建设分中心、分支机构，促进医师多点执业等多种方式，在患者流出多、医疗资源相对薄弱地区建设区域医疗中心，重点建设肿瘤科、神经科、心血管科、儿科、呼吸科和创伤科 6 个专科。在自治区党委、人民政府的大力推动下，党中央、国务院立足国家“一带一路”发展战略布局，充分考虑新疆实际，给予新疆支持政策，确定将我区纳入第一批“10+1”试点项目， 2019年11月8日，自治区人民政府与首都医科大学附属北京儿童医院签定了《合作协议》，明确由北京儿童医院对自治区儿童医院进行全面委托式经营管理，支持自治区儿童医院建设完成国家区域儿童医学中心。2020年12月19日，国家区域医疗中心（自治区儿童医院）揭牌，全面开启国家区域医疗中心建设新篇章。

通过北京儿童医院托管10年的建设周期，采用统一管理、资源共享，独立经营、分开核算的管理模式，最终达到建设规模800张床位。承担起新疆区域内、中亚五国、新疆周边及丝绸之路经济带沿线国家疑难复杂患儿诊治及转运工作，在区域儿科医疗服务领域中辐射和引领基层医疗机构医学发展和医疗服务能力提升。

医院积极践行公立医院改革，公共医疗卫生的公益性质和为人民服务的宗旨，始终“关注儿童、关注健康”， “以病人为中心，全心全意为儿童服务”为宗旨，实施科学、规范、制度化的三级专科医院管理模式，满足患者多样化，多层次需求，为方便患者就医，医院始终坚持24小时接诊，推进预约挂号工作，优化服务流程，改善患者就医体验，受到全疆各族患者认可。医院积极组织医疗骨干参加全疆各地州大型义诊活动，为偏远地区和基层单位的儿童送医、送药、送健康；积极开展义诊进社区活动，让广大患者感受到社会的温暖。