医院始建于1952年，原名永定路医院。1989年纳入全国第一批中西医结合医院，更名为北京市中西医结合医院;2007年成为美国加州传统医学院临床实习基地；2011年开启海淀园博士后工作站；2016年获批国家中医药管理局第三批重点建设中西医结合医院；2017年获批三级甲等中西医结合医院；2018年成为长春中医药大学医学实践教育基地，2021年正式更名为北京中西医结合医院。历经70年的历史积淀，已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体，以中西医结合为特色的三级甲等中西医结合医院。是海淀区中西医结合健康养老示范基地和指导中心、海淀区区域中医医疗中心和中西医结合医疗中心、海淀区中西医结合专科医联体核心医院，在海淀区中医药创新发展中发挥示范引领作用。
医院地处长安街沿线，医院总占地面积28亩，建筑面积近5万平方米，编制床位600张，临床科室23个，医技科室11个。现有职工824人，专业技术人员725人，其中高级职称95人，中级职称244人，博士32人，硕士170人，中医、中西医结合医师占比超过60%。配备有先进的检查和检验设备，为临床诊治提供了重要保障。
医院拥有国家级重点专科肾内科，北京市级重点专科脑病科、针灸科、妇产科、护理专科，北京市重点学科心内科，北京市国家中医重点专科辐射工程项目肾内科、脑病科，北京基层中医药学科团队基地针灸科，海淀区重点学科肾内科、脑病科、针灸科、口腔科，海淀区品牌科室脑病科。现有市级名老中医3名，国家优秀人才4名，市级高层次人才1名，区级学科带头人5名，区级学科骨干7名。目前建立学术传承工作室、站9个，共有22位传承人，现有博士生导师1名、硕士生导师9名。近5年来，医院在研国家自然基金项目4项、北京市自然科学基金1项，首发基金项目5项、中医药科技项目6项、区级项目14项。发表SCI文章数十篇。获国家专利2项。医院建立有国家中医药管理局中药药理（心血管）三级实验室，多次承担国家继教项目。医院积极参加国际交流与合作，以国际教学作为开展外交助院的方式之一，多年承担美国加州传统医学院的针灸临床带教，是北京市首批“国际医疗旅游医疗服务包”建设项目单位，坚持中医药守正创新，传承精华，推进中医精粹走出国门，走向世界。