上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心（简称“公卫中心”）是复旦大学附属三级甲等医院、又名复旦大学附属中山医院南院；全国传染病医师进修教育培训基地、中国疾病预防控制中心艾滋病临床进修教育基地、上海市疾病控制中心临床基地；为复旦大学传染病学国家教育部重点学科组成部分、复旦大学妇产科学国家教育部重点学科组成部分、国家临床重点专科（传染病学）建设学组、上海市传染病重点学科建设单位之一；国家级药物临床试验机构资格认定单位；上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市产科肝病监护中心、上海市艾滋病诊疗中心、上海市新发与再现传染病研究所、国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室（临床基地）建设单位。连续四届蝉联上海市文明单位。
　　公卫中心本部地处上海市金山区，紧邻S4、G15 高速公路亭卫公路出口处，占地33.3 公顷，总建筑面积101389.22 平方米；分部位于上海市虹口区，占地45 亩，建筑面积2.6 万平方米。为2004 年市政府一号工程，上海市加强公共卫生体系建设三年行动计划的重要组成部分，于2004 年11 月16 日落成启用。
公卫中心现有职工800 余名，汇集了复旦大学附属中山医院、华山医院、复旦大学上海医学院及原上海市传染病医院等各方专家、教授。公卫中心核定床位500 张，主要收治病毒性肝炎、妊娠肝炎、伤寒、乙型脑炎、流行性出血热、化脓性及结核性脑膜炎、肠道传染病、艾滋病、肺结核、传染性非典型性肺炎等各种法定传染病。在重症肝炎、妊娠肝炎、中枢神经系统感染和艾滋病治疗等方面颇具特色，曾获多项临床成果奖和科研奖。公卫中心现设有肝病科、感染科、综合内科、肝病临床中心、妇产科、中医科、呼吸科、外科、普外一科、胸外科、介入科、消化内科、麻醉科、儿科、五官科等临床科室以及影像科、检验科、病理科、药剂科等医技科室。
　　公卫中心配置了先进的医疗仪器及科研设备，如数字血管造影机（DSA）、1.5T 磁共振（MRI）、128 排螺旋CT、多功能数字化X 射线摄片机（DR）、高端彩超等一系列医疗诊断仪器，数字化手术室、ECMO 体外膜肺氧合生命支持系统、MARS 人工肝等治疗类设备，以及多功能流式点阵仪、基因测序仪、贝克曼超速离心机等高端科研类设备，为临床提供了强有力的支持。公卫中心还设有ICU 病区、压差病房、数字化信息管理系统（HIS）、医学图像存储与传输系统（PACS）、远程医疗和医疗示教系统，传染病诊治指挥中心可以通过图像传输实现专家会诊、学术交流、教学培训、网上探视等多种功能。公卫中心与世界上主要的公共卫生科研机构保持着广泛的合作。
站在新的起点，公卫人秉承“团结、奉献、诚信、卓越”的医院精神，围绕建设具有较强综合医疗救治能力的传染病临床医疗中心发展战略，为建成上海市肝病、艾滋病、结核等感染与传染性疾病诊疗中心和高水平的传染病研究基地，建成上海市公共卫生的“快速反应部队”和国际一流公共卫生临床中心的目标而努力奋斗。