中国人民解放军海军特色医学中心，是由海军军医大学(原第二军医大学)直属管理的单位，目前为海军最高级别医疗机构，中心不但是海军的特勤医疗救治基地，也是集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的军队三级甲等综合性医院。主要为航海、航空与潜水等海军特殊职业病的研究、预防、诊治任务;承担海军特种医学研究与教学、航海航空疾病预防控制任务。中心潜水医学处于亚洲领先、世界先进水平，航空与航天医学在国内有突出影响，其他医疗学科各有特色和成果。
中心整形外科是海军烧伤整形诊疗中心，在微创重睑成形，复杂眼袋整复，面部年轻化，脂肪抽吸体型重塑，隆鼻及鼻畸形矫正，面部微整形，失败美容手术的修复及并发症的处理等处于领先地位。在修复重建外科方面，对瘢痕畸形整复，良、恶性体表肿瘤的治疗，先天性手畸形、小耳畸形及唇腭裂的修复，血管瘤与血管畸形的激光治疗及综合治疗，难治性创面的修复（放射性溃疡、外伤），耳鼻畸形矫正，颌面部骨折及畸形修复等，处于全国领先地位。
心内科、消化内科、生殖中心是原南京军区医学专科中心，肝胆外科是上海市医学领先专业“胆道重点专科”。

在2019年软科“中国最好学科排名”中，中心特种医学位列全国排名第一。中心前身为美国救济总署创办的上海济民医院(淮海西路址)和美国教会传教士米勒尔先生创办的教会医院(哈密路址)。开设45个专业，30个科室，900张床位，年收治病人2.1万人次，门急诊量46万人次，年手术量9000余例次。中心医疗设备齐全，拥有PET-CT、核磁共振、DSA、全身伽玛刀、射波刀、320排CT以及进口血透机等一大批现代化诊疗设备，即将引进3.0T磁共振、水刀、直线加速器、骨科手术机器人等世界先进前沿的大型设备。中心近几年获得国家级科技进步奖29项，获军队二等奖以上3项、国家自然基金、全军、军区、地方省部级资助260余项，获批国家专利282项。中华医学会航海医学分会挂靠在中心，1个博士后工作站，1人获上海市“优秀青年人オ＂称号，1人获上海市“医苑新星”称号、2人获得上海市“科技启明星”称号。中心为南京军区总医院博士后流动站、上海交通大学、上海中医药大学硕士研究生带教点、海军军医大学任职教育实践教学基地、南京医科大学、吉林医药学院等多家医学院校的临床教学医院。