医院始建于1905年美国长老会创办的“仁济医院”。民国初期至1996年前为县级医院，1997年升格为地市级医院。2003年7月10日由政府主导，本着“靠大、靠外、靠强”的原则，加盟南京鼓楼医院集团，由金陵药业联合南京鼓楼医院出资7012万元收购宿迁市人民医院70%产权，宿迁市政府保留30%产权，医院更名为“南京鼓楼医院集团宿迁市人民医院”，是全国第一家地市级公立医院改制医院。医院2005年9月晋升为三级综合医院，2008年12月被评为三级乙等医院。2019年2月通过三级甲等综合医院评审。2021年7月12日，更名为“南京鼓楼医院集团宿迁医院”。 医院占地面积63240平方米，现有医疗用房建筑面积17.2万平方米。引进3.0核磁共振、256排螺旋CT、DSA等大型医疗设备，可为患者提供全面、便捷、精准的医疗服务。2013年，投资1.84亿元建成4.5万平方米外科楼，2020年，投入2.81亿元建成6.9万门急诊病房综合楼，改善了患者的就医条件。改制至今，累计在基建和设备方面的投入超过14亿元。 医院开放床位2000张，现有48个临床病区，17个医技科室，其中江苏省临床重点专科及建设单位3个，宿迁市临床重点专科及建设单位29个，宿迁市医学重点学科及建设单位13个，医院先后创建成为国家胸痛中心、国家脑防委高级卒中中心及中国创伤联盟创伤中心建设单位，江苏省危急重症孕产妇救治中心、江苏省区域胸痛、卒中、创伤救治中心，宿迁市胸痛、创伤、卒中、孕产妇及新生儿危急重症救治中心，宿迁市综合救援基地、宿迁市中毒救援基地。2020年12月，获批国家第三批住院医师规范化培训基地。