全院设置科室40个，其中：行政管理科室18个，包括政治处、办公室、医务处、纪检监察科、研究室、财务科、审计科、老干科、行政科、狱政管理科、狱侦科、生活卫生科、监狱医政科、工会、公费医疗办公室、突发事件处理办公室、院内感染科、门诊办公室。分监区2个，包括一分监区、二分监区。临床医技科室20个，包括犯人病区、内科、外科、眼科、药物依赖科、血液透析室、综合科、急诊科、中医科、口腔科、团河老干部门诊部、心理咨询室、放射科、检验科、药剂科、膳食科、手术室、信息科、器械科、供应室。各专业门急诊科室基本齐全。外科可开展除神经外科和心血管外科以外的全部外科专业项目，腹腔镜专业为特色项目。