阿克苏地区中医医院前身为阿克苏县中医院，成立于1983年8月，于1984年1月更名为阿克苏市中医院，在地委、行署大力支持下于2015年1月成立阿克苏地区中医医院，2015年8月将地区第一人民医院北院区划入我院，2018年10月将地区维吾尔医医院与我院合并（2020年9月分开），2020年1月正式启用虹桥路新院区，2021年3月顺利通过自治区卫健委三级中医医院建设评估，成功创建三级中医医院，2021年11月将原康宁医院院区划入我院。现医院总院和康复院区占地面积227.5亩，建筑面积7.6万平方米（总院5.3万平方米、康复院区2.3万平方米），是一所集医教研、康复、预防、保健为一体的三级综合性中医医院。医院承担着南疆四地州全国中医、中西医结合类实践技能考试任务、自治区“西学中”实践技能培训基地、自治区中医药文化宣传教育基地、阿克苏地区中医适宜技术推广基地；是陕西中医药大学、塔里木大学附属医院，甘肃省中医药大学、新疆理工大学等临床教学基地，以及新疆维吾尔自治区中医医院、新疆医科大学第一附属医院医联体协作医院。